在援新疆工作中，中国农科院充分利用自身的科技和人才优势，与新疆自治区人民政府签署了《中国农业科学院与新疆维吾尔自治区人民政府农业科技合作协议》，不断加强科技资源、科技成果在新疆的聚集，为新疆的农业发展提供有力的科技支撑与服务，为支援新疆发展发挥积极作用。

　　“十二五”以来，该院与新疆有关研究机构联合承担60多项科技项目;联合建立和完善试验示范基地36个;组织科技下乡3100多人次;培训基层技术人员和农民4.5万人次，培养“西部之光”访问学者等高级研究和管理人员600余人，推广新品种新技术100余个，面积2000多万亩，创造社会经济效益15亿元以上。

　　加强调研指导，为边疆地区发展建言献策。近年来该院先后有15个研究所与新疆农科院有关所就项目合作、人才培养、成果转化等签署了合作协议，为新疆农业发展提供科技支撑。援疆干部通过大量的调研工作，撰写了“关于支援新疆农业科学院科技创新工作的几点建议”等十多项调研报告和政策建议，均得到有关部门和单位的采纳，进一步促进了新疆农业科技的发展。

　　加强科技项目合作，带动新疆科技实力不断提升。该院有关研究所与新疆有关科研单位通过共同承担国家和地方各类科技项目联合开展了新品种引进与示范、育种、病虫害防治、农产品加工等方面的合作研究，取得了明显成效，带动了新疆农业科技实力的不断提升。作科所与新疆有关单位联合开展了大豆新品种培育与扩繁研究，培育的大豆新品种在石河子地区展示、示范;蔬菜所在新疆筛选出辣椒、番茄、黄瓜、茄子等适宜栽培的品种10余个;植保所与新疆植保站合作，成功选育出3个抗锈病和矮腥黑穗病的小麦新品种……

　　加强技术服务与培训工作，提升了边疆地区农牧民的科技素质。每年的关键季节，中国农科院都会选派专家到新疆有关地区举办技术培训，现场指导农业生产。针对新疆农业生产实际，在有关地区重点开展了棉花、蔬菜、果树等优良品种的配套技术服务与科技培训工作，近年来共培训基层技术人员和农牧民4.5万人次，推广新品种新技术100余个，面积2000万亩。其中蔬菜专家在吐鲁番、克州、塔城、喀什、洛浦、新疆焉耆等地举办了番茄、茄子、西葫芦、辣椒、黄瓜等蔬菜优良品种及其配套种植技术、病虫害防治等为主要内容的新品种展示和培训班20余次，培训农民技术员和示范户上万人;棉花专家在喀什、阿克苏等植棉区组织新品种现场观摩与技术培训会，培训基层技术人员和棉农3万多人次……

　　开展新品种新技术示范与推广，不断提高农牧民收入水平。针对新疆的农业生产实际，该院在有关地区建立示范基地并开展新品种新技术技术的示范与技术推广活动，促进新品种新技术在新疆的落地与转化。开展了新疆大豆新品种培育与扩繁研究，在石河子地区开展了示范与高产创建工作，“中黄35”在新疆塔城地区创421.37公斤的单产纪录;在吉木乃县建立中薯3号原原种生产基地1500亩，为泽普、昭苏等县提供了中薯系列品种8个;筛选、示范、推广IVF3155、IVF6172等加工番茄品种面积达11万亩，新增社会经济效益300万元;在和田建立了30亩的蔬菜科技示范基地，进行蔬菜品种示范。

　　开展干部交流培养，加大人才援疆力度。该院第七批援疆的5名干部圆满完成了为期3年的援疆工作，被授予“第七批中央和国家机关、中央企业援疆干部优秀团队”称号。另外，该院还为新疆培养“西部之光”访问学者等高级研究和管理人员300多人，有关研究所还对新疆饲料兽药监察所7名科研人员进行了2周的培训，让他们掌握了样品接收、标准物质和标准溶液管理等方面的专业技能。